Assassin's Creed vous place dans la peau d'Altaïr (de l'arabe « Al nasr al tair » qui signifie « l'Aigle en vol »). Nous sommes en 1191, lors de la troisième croisade, dans des villes aussi prestigieuses que la célèbre Jérusalem, Damas ou bien encore Acre.

Les autorités ecclésiastiques au pouvoir ayant pour habitude d'user de la force, par de nombreuses exécutions publiques, la guilde des Assassins dont fait partie notre héros s'est fixé pour mission de mettre un terme à la vie des responsables de ces pratiques.

On sait encore peu de chose à propos d'Altaïr, si ce n'est qu'il fait partie de cet ordre depuis un temps certain, qu'il y figurait au rang de Maître Assassin jusqu'à un terrible échec qui le fît rétrograder au plus bas rang possible, celui d'initiés. C'est cette erreur qui sert d'introduction au jeu, et après avoir sauvé les siens il lui sera accordé une deuxième chance par le maître des assassins. Pour retrouver son rang et son honneur, il lui faudra alors accomplir de nombreuses missions ...

En parrallèle à cette histoire se présente un autre récit. Celui d'un jeune homme mystérieux du nom de Desmond Miles, pris en otage par une grande société aux activités aussi diverses que variées. Les raisons de sa détention demeurent floues, Desmond est le sujet n°17 d'un projet nomé Animus. Grâce à Desmond l'Animus est capable de remonter dans la "mémoire génétique", et ainsi remonter jusqu'aux souvenirs enfouis dans son ADN. L'objectif de la recherche est tenu secret, mais la survie de notre héros malgré lui dépend de sa collaboration.

C'est donc grâce à cette machine que vous pourrez revivre les évènements passés vécuts par votre ancêtre Altaïr. Votre mission est de remonter dans sa mémoire, pour redécouvrir un élément secret qui attise toutes les convoitise des chercheurs autour de vous.

Cette deuxième histoire mêlée devrait prendre toute son ampleur au fur et à mesure que l'histoire avance, mais il est encore bien trop tôt pour vous en dire plus ...